Je-li to ještě aktuální, pokud ne, snad mé rady pomohou jiným.
Začal bych hledáním rozdílů oproti desce. (Je tu výhoda, že máte dva exempláře, které by měly být identické).
Vezměte si tedy schéma desky arduino (nejlépe je vytisknout si kopii na velikost A4) a zkuste si odškrtávat. Začal bych tím nejjednodušším, což je napájení (+AGND a AVCC i když nepoužíváte A/D). Vlastně nic jiného se nedá pokazit. Krystal připojíte s kondenzátory nebo bez (podle datasheetu jsou obsažené uvnitř, takže by nemusely být vně). Pak zkontrolovat RESET (pul-up nebo přímo na napájení). Nic víc se nedá pokazit. Snad už jen ta LEDka (přepólovaná, vadná) ale to najdete lehce.
S podobnými problémy jsem se setkal mnohokrát a většinou to byla nějaká blbost (alá výše zmíněné), přehlédnutí, nenápadně vypadlý vodič apod.