Pokud máš programátor, tak vůbec nepotřebuješ bootloader.
V IDE Arduina dáš Ověřit program. Tím se ti přeloží a zároveň se také vytvoří HEX soubor. Největší problém je ho najít :-)
Na to je dobré si v nastavení arduina (Vlastnosti) zapnout Zobrazit více informací výstupu během...
Pak se ti bude při kompilaci zobrazovat i cesta a název výstupního HEX souboru, který se defaultně ukládá někam do dočasné složky windows.
No a ten HEX soubor prostě použiješ a pomocí tvého programátoru jej nahraješ do atmela. To znamená, že nepotřebuješ bootloader a klidně si můžeš hrát s procesorem ATmega8 nebo ATmega32 na nepájivém poli. Jenom nezapomeň pokud budeš používat samostatný procesor, tak k němou dát krystal 16MHz + dva paralelní kondenzátory. Bez problémů lze používat i interní oscilátory atmelů (8MHz) bez externích krystalů, ale to by jsi musel upravit konfigurační soubor arduina, aby generoval hex soubory pro tuto frekvenci. Ale to není složité.